После возвращения в Коноху, где Наруто так и не удалось поесть любимого рамэна, он был призван старейшим мудрецом жаб, предсказавшим  ему «встречу с осьминогом» и «сражение с молодым человеком, обладающим огромной силой глаз». Кроме того по его же приказу, юноше был передан ключ к печати Четвёртого Хокагэ, заключившей когда-то Девятихвостого. После этого, по решению пяти Кагэ, два оставшихся дзинтюрики были спрятаны от Акацуки на охраняемом острове. Первоначально не найдя общего языка с Киллер Би, Наруто, тем не менее, склонил его на свою сторону. Во время попытки подчинить своей воле Девятихвостого, в глубинах его подсознания пробуждается сформированный чакрой образ Кушины, которая, как оказалось, была предыдущей джинтюрики Лиса. Она рассказывает ему о события ночи шестнадцатилетней давности, после чего исчезает: воспользовавшись её ослабленным состоянием после родов, Мадара извлёк из неё Кюби и направил того на деревню, а Минато был вынужден пожертвовать жизнью чтобы запечатать Лиса в своём сыне.
Следом Наруто удаётся поставить новую печать и изолировать чакру биджу от сознания монстра, чтобы, таким образом, ей легко было пользоваться. Однако применение этой чакры даёт странный эффект — при этом тело юноши словно загорается огнём, и на нём появляется странный рисунок. Кроме того, у Наруто появляется способность улавливать эмоции людей, благодаря чему он обнаруживает Кисамэ, находящегося в Самэхаде. Тот вынужден раскрыться и, пытаясь покинуть остров, вступает в бой с Майто Гаем, но проигрывает и затем кончает жизнь самоубийством.При попытке открыть свиток с собранной информацией Наруто, Майто Гай, Ямато, Мотои, Киллер Би и Аоба Ямаширо попадают в воденую тюрьму.
Тем временем начинается бой между Конан и Мадарой. Где последний побеждает в тяжёлой битве используя запретную технику Изанаги. И перед смертью Конан он узнаёт место положения тел Яхико и Нагато, имплонтировов в замен "потерявшего свет" левого глаза ренниган предстаёт в новой маске.
Мадара отдаёт приказ Кабуто на поимку Девятихвостого, но перед этип показывая ему статую Демона отступника и клоны Зэтцу, сделаные при помощи чакры пойманных Биджу, их около 100000.